Miembros del Team Flare resurgen de sus cenizas, se observó que, tras el despertar de Xerneas y Yveltal, estos dejaron acumulada energía capaz de causar la mega-evolución, lo cuál consiguieron descubrir llevando una investigación en Pueblo Crómlech a escondidas. Estos miembros tienen un nuevo plan: Explotar el poder de la mega-evolución para causar el caos y la desestabilidad de los Pokémon, además de conseguir los Pokémon más poderosos para dominar el mundo a su antojo.
El nuevo Team Flare crea, con esta energía, una nueva máquina: La Mega-Máquina.
Logo del nuevo Team Flare, que simula una llama y una molécula de ADN.La historia de XZ/YZ, parecido a BN2, sucede tiempo después a la de XY, se descubre la zona Kalos Sur, donde empiezas tu aventura, aunque algunos lugares serán visitables en el post-game.
No tengo claro qué personaje serás, pero sí que puede ser un concepto revolucionario (más que ser otra persona, un familiar o algo).
Mientras tanto, en la Cueva Desenlace, hay una "bestia" que está reaccionando ante el poder de la naturaleza: Zygarde.
Zygarde se da cuenta de que empieza a ver una desestabilidad del equilibrio ecológico, causado por la Mega-Máquina que abusa y explota la genética de todos los Pokémon.
Este, encolerado, cree que la culpa es del Pokémon legendario Xerneas/Yveltal.
Xerneas/Yveltal, al ver cómo se altera la genética, despierta de su letargo también enfurecido, se dirige a la Torre Maestra y la devasta y destroza en parte, creyendo que tenía relación con lo sucedido, sin embargo, tú consigues detenerlo y el Megayayo te entrega un objeto que solo el verdadero maestro Pokémon podrá tener: La Xerneasita/Yveltalita, te cuenta que hay un Pokémon con forma de serpiente que reaccionará a ellas y conseguirá su forma final, pero debes guardarla, ya que Zygarde mega-evolucionado tiene los siguientes planes:
Mega-Zygarde Onda X pretende atrapar a Xerneas con Miles de Ondas que le rodearán y lo volverán a su forma original: después, pudrirá el árbol oprimiéndolo con su piel y lo dejará sin vida para que nunca más despierte.
Mega-Zygarde Flecha Y prentende atrapar a Yveltal lanzando Miles de Flechas y tirándolo al suelo, para que así recupere su forma crisálida, después, lo tomará con sus garras y lo llevará a un lugar profundo donde lo entierre y no pueda salir más.
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Estos planes son muy violentos y macabros, causando, en resumen, la desaparición de Xerneas/Yveltal para siempre. Por lo que, para conseguir el equilibrio ecológico, debes portarla tú y usarla para buenos hechos.
La estatua de Mega-Lucario, por su firmeza, casualidad, o heroicidad, ha conseguido sobrevivir al impacto de este legendario.
Ahora, tu objetivo es detener la Mega-Máquina, pero en el trayecto, muchos miembros del Team Flare usarán a Mega-Houndoom, Mega-Manectric, Mega-Absol....un camino muy difícil y verdaderamente duro de pasar.
El Team Flare, después de estudiar leyendas y mitologías, descubre que Zygarde revelará su poder secreto cuando el equilibrio esté inestable, por lo cuál, deciden ir a su rumoreada morada: La Cueva Desenlace, para así causar el auténtico caos.
Esta sirve de refugio a muchísimos miembros que lucharán contra ti para detenerte, no permitirán que des un paso más ante Zygarde.
Cuando llegues a la sala final, todo estará en silencio, quizás parezca una locura, algo imposible, inaudito, pero allí verás a Lysson en sus últimas: pudo sobrevivir ante la arma definitiva, y ahora, su objetivo es destruir a Xerneas/Yveltal por traicionarle y permitir que le sucediese una tragedia que lo podría haber hecho desaparecer. Quiere eliminarlo de su vista, para siempre. Descubre que, en tu bolsa, hay un objeto que brilla con intensidad: Es la Xerneasita/Yveltalita, este, lucha contra ti, y tras él, los miembros del Team Flare llegan al final y se quedan sin palabras: Lysson sigue vivo, con planes mucho peores que ellos mismos tienen. Lysson quiere destruir el Planeta con Zygarde, causar un caos total a todos los Pokémon de la humanidad, él quería un mundo mejor, pero este no le ha ofrecido una oportunidad, según él.
(*Música cutscene*)
Xerneas/Yveltal destroza el techo de la cueva y entra enfurecido, Lysson te roba la mega-piedra y se acerca lentamente a Zygarde, sus últimas palabras demuestran las ganas que tiene de destrozar a Xerneas/Yveltal de una vez.
Lysson muestra la mega-piedra a Zygarde, y este acciona a ella, empieza a tomar una tonalidad blanca y forma una piel gruesa, la cuál se abre y revela su identidad: Mega-Zygarde Flecha Y (YZ) o Mega-Zygarde Onda X (XZ), este, sin ser esperado, ataca directamente a Lysson, pero....Xerneas/Yveltal recibe el ataque en su lugar.
Lysson no entiende por qué lo hizo, quizás, quisiese demostrarle el vínculo de la amistad...
Mega-Zygarde ataca a Xerneas/Yveltal hasta debilitarlo, volviéndolo a su forma origen (árbol/crisálida), en XZ, atrapa a Xerneas y lo pudre, Zygarde lo ata y oprime hasta conseguirlo, lo llevará a una sala inferior en la cuál te enfrentarás a él, en YZ, sale por el techo de la cueva con la crisálida en las garras y vuelve a bajar lanzado creando un agujero que lleva a una sala inferior, también.
Zygarde mega-evolucionará, y atacará a Xerneas/Yveltal, cometerá los planes anunciados por el Megayayo.
Ahora, tu objetivo es detener a Zygarde antes de que se produzca una crisis mundial, el mundo depende de ti, y el equilibrio ecológico de Kalos también.Tras derrotar/capturar a Zygarde, Lysson empieza a llorar, cae deprimido al suelo, no comprende cómo ha podido causar tanto daño y caos, y además, Xerneas/Yveltal ha arriesgado su vida por él, comprende que el mundo no será bello si solo usamos la guerra, decide reflexionar sobre la vida y comprender lo que ha hecho.
Tu último destino es destruir la mega-máquina, tras hacerlo, libera ADN, que es alcanzado por el árbol/crisálida, y este empieza a volver a tomar vida, Xerneas/Yveltal sigue vivo.
