Si se formatea la 3DS tambien cambian los pokemons que aparecen en tu safari Amistad??
Cuando formateas la consola, se borra la memoria del sistema. Con ella se borran los pasos, las notificaciones, la lista de amigos
y tu código de amigo. Formatear la 3DS te daría un nuevo código, y ese código nuevo haría que nuevos Pokémon aparecieran en el Safari Amistad.