Yo acostumbro a usarla en los primeros legendarios, que siempre me pillan con niveles muy superiores con respecto a los míos, y suele haber menos margen para preparar una buena estrategia. Los demás, quieras que no siempre son más fáciles, pues ya tendrás Pokémons más nivelados que paralicen, duerman, quemen a sus oponentes, así como un buen arsenal de Ultra Balls, Turno Balls, etc... Y en cuanto a los que huyen, siempre puedes tirar de Mal de Ojo o Wobbufett para evitar que dé más problemas de los que debiera.
Mi consejo: Reserva la Master Ball, no sea que uno de los nuevos legendarios que tienen que meter sea errante y cause problemas, o incluso puedes ofrecerla para conseguir algún Pokémon extraño.
Saludos
Nimrook!!