Mmm, yo también estoy más acostumbrado a los controles de A/B/X/Y que a los de X/O/Cuadrado/Triángulo. Y lo noto bastante, por ejemplo, cuando después de llevar un largo rato jugando a cualquier consola de Nintendo me pongo a jugar a alguna de Sony. Tardo un poco en acomodarme.
Respecto a joystick/cruceta de control, suelo estar más acostumbrado a la segunda. Aunque con el joystick se consigue mejor movilidad con la cruceta se consigue mayor precisión. Aunque claro, también depende de la movilidad dentro del juego, no es lo mismo jugar a un juego en el que existan 4 direcciones con una cruceta que con un joystick...
Con los L, R, Start, Select y similares no suele haber mucho problema, ya que siempre los sitúan en el mismo lugar y con el mismo nombre. Parece un convenio que tienen. (?)
Ah, y no me meto en teclados para juegos de PC porque eso es un mundo.