Creo que lo estáis malinterpretando.
Lo primero, Melkor ha dicho que el tema es pura especulación, así que no deberías de tomaros todo al pie de la letra.
Lo segundo, en ningún momento se ha dicho que se banearán Pokémon con IV's todo 31. La cosa sería la siguiente:
1) Consigo con RNG un Zapdos con todo IV's 31, naturaleza huraña, ID 23456, EO Paco, capturado en Ruta 212, PID 43434667... (obviamente me lo estoy inventando).
2) Subo ese Pokémon a Pokécheck o a alguna Fake GTS y lo empiezo a repartir entre distintas personas.
3) El Pokébanco haría un registro de los Pokémon que subes. Así que imaginaos que yo subo ese Zapdos al Pokébanco, luego otra persona sube el mismo Zapdos que consiguió clonado al Pokébanco, luego otra persona, otra más...
4)El Pokébanco guardaría el registro de todos esos Zapdos y podría compararlos. Y al ser prácticamente idénticos pues podría tomarlos como clones y llegar a banearlos.
No serían ningún problema que hubiese 2 Zapdos iguales, pero imaginad 50 Zapdos iguales, sería casi imposible que eso ocurriese por métodos normales, así que se podrían tomar la libertad de banearlos.