Y dale con el 3D, primera vez que me leo el tema y la mayoría de gente lo ha malinterpretado (quizás por el título que es demasiado ambiguo, pero bueno).
El 3D no lo quitan. Deciden específicamente dónde lo ponen, en este caso, sólo en batallas. No es que tengas que pasarte el modo historia para tener el 3D, no es que quiten el 3D completamente y no es que lo restrinjan en algunas zonas del juego.
Cuidado con esas generalizaciones apresuradas que son muy engañosas.