Yo creo que mucha gente tiene la ilusion de que ho-oh es un poke marginado de historia por que no tubo una película/especial en el anime y a mi eso me parece irrelevante, Lo importante son los juegos y en las 2 primeras gens los pokes legendarios se les daba poca importancia y se les rodeaba de misterio.
Como sea, desde mi punto de vista el verdadero marginado aquí el Lugia, de Ho-oH además de todo el cuento de las torres, se sabe que es un pokemon venerado en Ciudad Iris por representar el lazo entre humanos y pokemon, en referencia al final de la historia del arca de noe, mientras que de Lugia solo se que es el guardián de los mares y que esta viviendo en las islas remolino por que se le quemo su torre y ya, personalmente me gustaría que me explicase por que en primer lugar, Lugia tenia una torre y por que habían 3 pokemon en su torre.
y sobre que pueda tener relevancia en XY?, lo dudo, simplemente por que mewtwo decidió hacerse presente en esas entregas, probablemente en futuras entregas decidan expandir un poco mas su historia.