1 - No creo que afecte al rendimiento, ya que los dos SO están "incomunicados"
Yo eso lo he hecho varias veces y no he notado bajada significativa del rendimiento.
2 - Haz dos particiones, en una instalas la distribución Linux y en la otra, Windows.
Para las particiones, por lo general los programas de instalación de SO permiten gestionar las particiones. En vez de en el programa de instalación darle a "Usar todo el disco(para instalar el SO)" lo instalas en una partición.
3 - Esto de hacer dos particiones(o las que sean) e instalar varios sistemas operativos es bastante común y efectivo(yo en mi ordenador tengo la instalación Linux Ubuntu, Windows Vista y Windows XP(el XP es para programas antiguos que no me van o me van mal en Vista)
El problema es el coñazo de tener que reiniciar cuando quieres acceder a otra(no se si hay otros métodos más rápidos)
Sin embargo, yo recomiendo tener al menos dos particiones en el ordenador, por si hay un problema software(tipo virus que impiden el inicio) con el ordenador, tener una partición de enmergencia para poder "rescatar" los archivos de la otra partición.
Como poder, se podría sacar el disco duro del ordenador para "rescatar" esos archivos mediante un cable y copiarlos en otro disco duro pero como que abrir el ordenador para eso, no merece la pena teniendo una opción más sencilla.
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En el caso que expones, creo que sería mejor al menos probar lo de, en Linux, con una máquina virtual(una máquina virtual es un software(AKA programa) que permite emular ser "otro" ordenador(explicación churrera), mejor lee la definición de wikipedia:
EnlaceUsa Linux y en la máquina virtual usas Windows. Cuando quieras usar un programa de Windows, inicias el programa de la máquina virtual.
Yo he probado como programa de máquina virtual VMWare
Es bastante fácil de usar, descárgalo, pruébalo y a ver que opinas.
El problema con esta solución es que al tener dos sistemas operativos ejecutándose(cuando estés usando Windows) baje el rendimiento.