A priori no veo tanta pega en que las formas mega requisieran de 1 turno para activarse. Sí, sería predecible, ¿pero acaso no lo son ya los Sets de muchos Pokémon?
Si alguien lleva en su equipo un Scizor Swords Dancer -por decir algo-, si cambias a un Counter suyo en el momento que hace SD, y descubres que ése es su Set, ese Scizor queda "inutilizado" para el resto del combate... O no.
El problema es que en un equipo competitivo, se trata de cubrir el mayor número de amenazas posibles, pero no todos los Pokémon son capaces de cubrir a todos los del equipo rival. En definitiva, que en el momento en que el Counter que tú tengas preparado para ese Scizor caiga debilitado, tiene vía libre para hacer lo que le plazca.
Lo mismo con las formas 'Mega'. Pero no sólo con las formas 'Mega', sino con cualquier otro Set de cualquier otro Pokémon. Hay veces en que X Pokémon de tu equipo no puede cumplir su 'Rol' porque en el otro hay casualmente alguien que lo puede frenar en seco; la gracia está en intentar quitar a ese alguien de en medio y entonces arremeter.
Pensad que el turno perdido de entrar en forma 'Mega', se puede comparar al turno perdido de meterse CM, SD, DD, Bulk Up, Rock Polish, etcétera. Y sin embargo estos movimientos no son inviables.