Yo veo 2 posibilidades:
1. El verdadero objetivo del Team Flare es...conseguir dinero, pero el/la líder pretende usar dicho dinero para construir una máquina/dispositivo que aproveche el poder/capture a Xerneas/Yveltal, para poder ser inmortal
2. El Team Flare va detrás de las Megapiedras, y es bastante posible que como dijo no me acuerdo quien, eso provoque que Xerneas/Yveltal entre en un Modo "Rampage", y que haya que calmarlo combatiendo contra el legendario o, en su defecto, que el legendario ni pinche ni corte en los planes del Team Flare (al estilo Team Rocket en OPC/HGSS)