Yo creo que sí es relevante, puesto que aunque no tenga sexo, lo han querido distinguir con la voz por algo.
Quizás cuando se creo a Mewtwo, en realidad se crearon a dos idénticos (y nosotros nos enteramos ahora) y aunque no tengan sexo, si que "son distintos" y uno evoluciona a su forma masculina y el otro su forma femenina. En el anime los identificarán con la voz y en el juego, ya que no pueden hacer dos iguales, será el mismo que dependiendo de la versión en la que esté, tendrá una forma u otra.
Si Mewtwo es "X", al estar en la versión X será XX (mujer) y al estar en la versión Y será XY (hombre). Eso relaciona el nombre de las ediciones y lo de la cadena de DNA de las carátulas.
Si nos dejamos llevar por los últimos rumores, es posible hacer todo lo que dices sin cambiar el sexo del Pokémon.
Mewtwo puede seguir teniendo un género indeterminado, y aún así mostrar un carácter masculino o femenino. Si una de las formas está más predispuesta a seguir su lado intelectual y a razonar, ese podría ser el que represente a la mujer (XX). Por otro lado, estaría la nueva forma de Mewtwo aún no presentada y con voz masculina, que siguiendo sus instintos represente al lado masculino (XY), dado que los hombres tendemos a mostrarnos más agresivos que las mujeres.
En cualquiera de los dos casos, Mewtwo podría seguir sin tener género, sólo cambiaría su caracter y con ello su forma.
Me recuerda mucho al enfrentamiento entre Zekrom y Reshiram, es casi idéntico. Zekrom representaba lo que el supuesto nuevo Mewtwo hará: las emociones, los ideales, el instinto a fin de cuentas. Todo lo que no es necesario razonar porque está ahí. Reshiram por otro lado tenía más los pies en tierra; era un ser que buscaba la lógica, la verdad en las cosas, la razón.
No es de extrañar, dado que el Yin y el Yang también representa al hombre y a la mujer. Sin embargo, Zekrom y Reshiram, cada uno con carácteres que sin lugar a duda evidenciaban el género al que representaban, carecían de sexo.