Los 3 son igual de buenos, tanto en competitivo como en ingame.
Bulbasaur tiene ventaja sobre la mayoría de gimnasios, pero contra Sabrina la vas a pasar canutas (osea, mal). Charmander tiene problemas contra la mayoría de gimnasios, pero aprende una variedad de ataques potentes que le dan una gran cobertura. Squirtle es muy resistente a los golpes y también golpea excelente, y aprende ataques útiles como Surf que además de potente es practico.
Simplemente escoge al que más te guste, a quien tenga más tu "estilo". Yo he usado a los 3 en distintas partidas en distintas generaciones...
Competitivamente tienen bastante que ofrecer, pero se necesitan las habilidades DW que actualmente son difíciles de conseguir legalmente para los iniciales (ya que se repartieron únicamente en un evento japones, aunque puedes usarlos en simuladores. Con las habilidades DW, Charizard bajo sol consigue la Llamarada más potente del juego, Venusaur puede ser más rápido que la mayoría, mientras que Blastoise es mejor en lluvia, ya que así puede recuperar vida más rápido (y compensa algo la falta de un move curativo) además de contar con el raro move Giro Rápido que ayuda bastante a sus compañeros.
Aunque tienen sus problemas, Charizard necesita que el campo este libre de Trampa Rocas (por lo que necesita un compañero que sepa Giro Rápido); Venusaur sin sol pierde su gracia, además tienen varios enemigos naturales debes eliminar antes de poder usarlo (Heatran y algunos dragones), Blastoise suele ser mirado en menos frente a Tentacruel, ya que tenta no puede ser envenenado y tiene algunas resistencias importantes (como lucha, pero claro, también tiene debilidades importantes, como tierra).