Chikorita ingame es de los peores starters que hay por su stab y por sus stats ofensivos (durante el juego interesa acabar con los miles de entrenadores rápido, no da para ponerse a stallear).
Entre esos dos Totodile es mucho mejor para moverse por el juego: puede aprender varios tipos diferentes de ataque, buenos stats ofensivos y es útil en muchos gimnasios del juego. Totodile puede aprender por nivel movimientos como colmillo hielo, triturar, cuchillada y fuerza bruta además de poder usar bien las MOs de Surf y/o Cascada.
Dicho esto, lo más recomendable (que no obligado eh) es cogerse a Totodile si estás con esa duda, Chikorita ya lo conseguirás de la forma que te han dicho más arriba.