Yo te lo confirmo, reseteé muchas veces hasta conseguir a mi Xerneas, y siempre tenia 3 stats en 31, iba con un Ralts con Sincronía para naturaleza Modesta, y haciendo cálculos con mi hoja de Excel me salían siempre así los valores. Efectivamente, al llegar al juez, me dijo que era Extraordinario, con máximo en PS, ATKE y VEL. ¡Espero que te ayude en tu captura del Xerneas/Yveltal "perfecto"!
Edito: si no recuerdo mal, las estadísticas eran 201 / 135 / 115 / 166 / 118 / 119 para Xerneas con naturaleza Modesta (31 en todo, claro). Para saber lo que tiene el tuyo concretamente, la clave es pensar que si tiene ese valor tiene 31 ó 30, si tiene 1 punto menos 29 ó 28, y así sucesivamente (por ser nivel 50).