Hay dos teorías muy posibles para el origen de los nombres:
-Cromosomas X e Y: La cadena de ADN de los logos japoneses deja muy claro que los nombres podrían hacer referencia a los cromosomas. ¿Existe un cromosoma Z? Sí que existe, en insectos, pájaros y peces, pero es una nomenclatura alternativa que se utiliza junto al cromosoma W para diferenciarlos de los X e Y de los mamíferos. Así que no tendría sentido hablar de una única edición Z, sino de un par WZ.
-Ejes X-Y-Z: Es la primera aventura de Pokémon completamente en 3D, lo cual podríamos representar con estas tres letras que suelen denominar los ejes espaciales. Sin embargo, han sacado únicamente X e Y, que sería en 2D, por lo que no creo que el nombre tenga su origen en esto aunque en un futuro tuviesen pensado sacar un Pokémon Z.
Después de analizar esto, yo creo que nos encontraremos con X-2 e Y-2, pues me parecería raro ver combinaciones de cromosoma al estilo XX e XY. También vería posible un WZ, pero no me termina de parecer comercial.