A mi me paso lo mismo, pero yo pondria un sistema de borrar automaticamente el mensaje mas antiguo cuando se recibe uno nuevo y la bandeja esta llena, para foros que usen phpBB hay una aplicacion de ese estilo y tambien hay cosas interesantes como antidoblepost (integra el nuevo post al ultimo) y mas cosas!
A mí eso no me parece bien. Yo tengo mensajes que me gustaría guardar, así que prefiero borrar manualmente los que ya no necesito.
De todos modos, se pueden modificar las opciones de los mensajes privados en el perfil y puedes poner que se borren los mensajes de hace X días de antigüedad.
Lo del mensaje sí que estaría bien explicarlo mejor, ya que hay muchos usuarios que preguntan por eso.
(Esta es mi opinión personal, espero que nadie se sienta ofendido.)