Xbox 360 y PS3 son bastante parecidas, PS3 es algo más potente pero en los juegos solo se nota en televisiones muy buenas y utilizando el hdmi. Además, PS3 es un reproductor Blue-Ray (aunque esto poco importa para jugar).
En cuanto al online, es lo que tú has dicho, xbox live es de pago pero funciona muy bien. PS Network no es que esté caido cada dos por tres, pero funciona mejor el xbox live.
Por último, ambas consolas tienen prácticamente los mismos juegos y se diferencian en algunos exclusivos. Pero si lo que quieres son shooters supongo que te da igual una u otra...
En conclusión, quédate con la que quieras, aunque si tienes amigos que ya tengan una de las dos píllate la misma, que jugar con amigos siempre está muy bien.