Si, lo negro es lo que tienes que cubrir. Si tu Pokémon tiene EVs aplicados, también debes ponerlos (para que te de bien los IVs). Lo mejor para esto es usar la calculadora con un Pokémon recién nacido o sin entrenar, para que no tenga EVs.
Por otro lado, no puedes mirar los IVs de un Pokémon a nivel 1. Debe estar al 12-15 para tener resultados cercanos, y al 60-70 para tenerlos casi exactos. Exactos de todo, sólo es posible al 100. Así que dale a Squirtle 10 Carameloraros o mételo en la guardería y anda, para que le suba el nivel sin EVs. Luego vuelve a meter sus datos.
Lo rojo sería el IV más probable que tendrá, no el que tendrá en sí. Y azul es la probabilidad que tiene de poseer realmente ese IV que te marca el rojo.
Lo rosa son el IV máximo y mínimo que podría tener. Por ejemplo:
Imagínate que de IV de PS, lo que está en rojo te pone 25. Lo que está en azul te marca 66%. Y lo que está en rosa, en mín te pone 22 y en máx. 27. Pues esto significa que tu Pokémon tiene como mínimo un IV de 22 en PS y como máximo un IV de 27 en PS. Y que el valor más probable entre esos dos sea de 25, siendo esa probabilidad un 66%.
¿Va a tener un IV de 25? No necesariamente, pero sí es lo más probable. Pero podría ser 22, 23, 24, 26 y 27 también.
La calculadora sirve para eso, para aproximaciones nada más. Sólo es exacta a nivel 100.