Segun mi experiencia usando Swellow, usarlo con Flame Orb o Toxic Orb es lo mismo si tiene la habilidad Agallas/Guts(todos los swellows lo tienen, obvio)
A un pokemon con Guts/Agallas, la quemadura no le baja el ataque, asi que le sube igual que si esta envenenado.
Un dato mas, en cambio, un pokemon con Pies Rapidos/Quick Feet si que le baja el ataque si lleva la Flameorb(o esta quemado, lo mismo es), y si lo paralizan su velocidad merma solo un 25% (y no un 75% como pasa normalmente al estar paralizado)