Haber, creo que básicamente solo preguntan dos cosas.
La habilidad:
No se puede cambiar o poner otras que las que legalmente pueda aprender el pokemon porque eso ya esta programado en la Estructura Base de cada pokemon, así como su rango de sexo, Base Stats, Ratio Ball, Sprit, nivel de Eclosión, etc.
Por lo que aquí si un pokemon puede tener 2 habilidades ya esta programado, y solo tiene programado una, la segunda posibilidad por HACK será "No Hability".
Y tanto en 3ra hasta 5ta Generación este dato se determina legalmente con la terminación del PID del Pokemon, sin tanto relajo, si el PID termina en número "NON" tendrá la habilidad 1, si termina en número "PAR" tendrá la segunda.
A partir de 4ta Generación fue que los programadores decidieron cambiar ese aspecto en la estructura pokemon y en vez de que el dato de la habilidad se limitara a "1 BIT" (0 ó 1), decidieron que fuera una lista de "1 BYTE" (00 a FF) teniendo la posibilidad de que con HACK se pueda elegir toda lista de Habilidades.
Forma Alterna de Deoxys:
La única forma de tener otra forma alterna es haciendo un HackROM y programar los otros 3 Deoxys en los huecos vacíos para posibles pokemons que están entre Celebi y Treecko (hay mas de 10 huecos para programar ahí pokemons)
Asi que tendrías que programar ahí la Estructura Base de los otros 3 Deoxys y el Sprit de cada uno para tener a los 4 en total, pero de todas formas haciendo esto, solo en ese HackROM se verán, si transfieres esos Deoxys a otra versión original o lo sacas en batalla, el otro jugador solo vera un Missingno estable que sí esta programado en cualquier juego original.
Esto es porque en cada juego, en el lugar de la programación de Deoxys, solo esta programado uno con su Estructura Base y Sprit, en el mismo lugar que lo esta programado en las 3 versiones de 3ra Generación. Lo único que si esta programado en Emerald (la versión mas completa) son los Sprits de los 4 Deoxys, por eso aparece el NORMAL cuando lo vas a capturar, pero una vez capturada aparece el Sprit del único Deoxys programado en dicho juego.
En conclusión, es Imposible un Código o Editor Pokemon que cambie la forma, por que no esta programado tal cosa, a diferencia de como se maneja en la estructura de 4ta GEN para arriba.