No os preocupeis los de 3DS, todos los monstruos están en las 2 versiones. Lo que si podría ser es que hubiese alguna mision extra para WiiU que no esté en 3DS, pero lo dudo ya que 3DS tiene para descargarse misiones de evento por lo que, al final, la diferència será jugar en local o con online.
Pero igualmente, pillaros la versión de WiiU.Edit: Lo explicaré algo mejor:
En MHtri estan Jhen Morhan, Deviljho y Alatreon de exclusivos en el online porque Jhen es el icono de la ciudad y equilibran el hecho que no esté Ceadeus, y los otros porque son exclusivos de rango alto que solo está en el online.
En MH3U en la aldea hay rango bajo y rango alto y en el gremio (multijugador local para 3DS, online para WiiU) los 3 rangos, incluyendo el G, el qual también cuenta con monstruos que no hay en otros rangos.
Al gremio de WiiU solo se puede acceder con online pero al de 3DS no, ya que es local, y como se pueden hacer las misiones solo pues podreis hacer TODAS las misiones independientemente de que juego os pilleis.