Bueno, es fácil:
1- Cuando se meta en un cuadro, y cuando vuelva con su caballo para salir, mira los cuadros, y en el que se vea más cerca, esperas un poco a que salga del cuadro (produce una luz morada al salir), y le das con el arco. También puedes esperar a que salga y darle con el arco (que se consigue en este templo).
2- Cuando ya no tenga caballo, tienes que darle con a espada así: Cuando te lance un ataque másgico con su ''bastón'', con tu espada se lo devuelves, como si fuera ping-pong. Aguanta hasta que a Ganon fantasma le de su propio ataque, se caerá al suelo, y en ese momento le das con la espada. Así hasta que le mates.