Los Link son siempre diferentes en cada juego (excepto en Wind Waker y Phantom Hourglass), solo son descendientes unos de otros, igual que las Zelda xD
En cambio, Ganondorf es siempre el mismo. Recordad que en Ocarina of Time pormetió vengarse de los descendientes.
En cuanto a la linea temporal de los juegos, el primero es Skyward Sword, seguido de Ocarina of Time. Después se ramifica en dos futuros alternativos , dependiendo de si Link seguiría o no el mismo destino, uno es el que acaba en Wind Waker, Phantom Hourglass y, posteriormente, Spirit Traks, mientras que el otro pasa por Majora's Mask y Twilight Princess.