Hola pues mira,simplemente tiene mas ataque puesto que los stats de ese pokemon en ataque son mucho mayores a sus stats en Sp.Atk puesto que haci lo crearon los de gamefreak, y las naturalezas solo favorecen 10% del valor que tendrian, por ejemplo si siendo naturaleza neutral en Sp.Atk tubiera 20 de Sp.Atk,con una naturaleza favorable tendria 22, osea 10% mas (a nivel bajo pasa casi desapercibido).
te doy un ejemplo mas facil, un Darumaka a nivel 100 con naturaleza favorable en ataque lo maximo que puede llegar a tener de atk es 306, considerando que tenga sus IVs y EVs al maximo(pero eso es otra cosa), y un darumaka 100 con naturaleza favorable en SP.Atk tan solo puede llegar a tener como maximo 141 porque sus stats con las que esta hecho son mucho mas en atk que en SP.Atk
en resumen las naturalezas solo favorecen 10%, siendo haci mas importantes las stats de cada pokemon, espero que te haya aclarado tus dudas :D
