Obito vuelve del mundo de los muertos en forma de chakra, gracias a su técnica ocular que le permite moverse entre dimensiones (o algo así). Y gracias al ojo que compartió con Kakashi, sus chakras son parecidos (si no el mismo) por lo que se puede introducir y mezclar con el suy, cosa que aprovecha para regalarle ambos ojos (pues como todo, están hechos de chakra), para que salve a todos y se convierta en el sexto Hokage (siendo el 7º reservado a Naruto).
Si puede hacer el Susanoo tan rícamente es porque los ojos parece ser que tienen memoria y conservan la experiencia de su antiguo dueño y además Kakashi no era nuevo en el uso del Sharingan