Desde mi punto de vista... Como ocurre casi siempre con la informática, la pregunta es ¿El mejor para qué?
En estabilidad, seguridad, manejo de usuarios y redes, uso "normal" de ordenador (ver correos, navegar, ofimática), el linux. Aunque en contra de lo que alguno comenta, sí tiene algunos virus, y existen antivirus específicos para linux.
Para determinadas cosas (entiéndase juegos, sobre todo) Windows. Además de tener una gran cantidad de programas profesionales. En linux no se encuentran tanto, ya que no se vende igual (pero a cambio tiene una ingente cantidad de programas libres creados por la comunidad de usuarios). Pero Windows tiene sus problemas de seguridad, virus, etc.
Personalmente, uso Ubuntu y Xp.