Poco después de ganar el Torneo Fútbol Frontier,el instituto Raimon es destruído por unos extraterrestres,que se hacen llamar Academia Alius.
El primer equipo es Tormenta de Géminis,caracterizado por su enorme velocidad.En el transcurso de esto,Axel Blaze es expulsado del equipo por la nueva entrenadora Lina Sealer,de la que los jugadores al principio desconfían.Luego se unen al equipo Tori Vanguard,hija del primer Ministro y Shawn Frost,el gran delantero del Alpino,y en el tercer partido derrotan a Tormenta de Géminis.Cuando parecía que habían derrotado a la Academia Alius,aparece un nuevo equipo más poderoso,Épsilon,que quiere enfrentarse al Raimon.En el primer partido Épsilon gana muy fácilmente y juega Scotty Vanian,un chico muy travieso,que parece tener miedo de los extraterrestres y al final detiene un tiro muy poderoso de ellos.Luego de esto aparece la Nueva Royal Academy,en la que están los antiguos compañeros de Jude Sharp,Joe King y David Sanford,y a final el partido queda en empate.
Después,Kevin deja el equipo un tiempo debido a una lesión,y el equipo se dirige a Osaka a buscar pistas sobre un escondite de la Academia Alius,y se encuentran a Sue,una chica enamorada de Erik,que se une al Raimon y en el segundo partido contra Épsilon,el partido queda 1-1.
Cuando se enteran que hay un segundo cuaderno de David Evans,el abuelo de Mark,se dirigen a otro instituto,en el que hay un chico llamado Darren con un gran talento.Cuando están allí,un chico que trataba bien a Mark,Shaviel Foster,se revela como el capitán de Génesis,más fuerte que Épsilon y gana al Raimon 20-0.Más tarde,Darren se une al equipo y van al sur,donde conocen a Harley Keing,un chico al que le encanta el surf y cuando llega el partido contra Épsilon,llega Axel Blaze y con su nueva técnica derrota a Épsilon.
Pero cuando derrotaron a Épsilon,aparece Gazel,del Diamond y expulsa a Épsilon de formar parte de la Academia Alius.
