Team Rocket: Los malos genéricos. Su líder Giovanni es un mafioso con ansias de poder y dinero, y controla una organización que se dedica a robar pokémon para el mercado negro. Sus sustitutos (GSC/HGSS) intentan utilizar ondas de radio para controlar a los pobres bichillos.
Como no hay legendarios con ninguna temática en particular en la 1ª ni 2ª generación (a excepción de Ho-Oh y Lugia y el ciclo día-noche), los Rocket se presentan como una mafia de ladrones y extorsionadores que sólo buscan el control de los pokémon y hacerse ricos en el camino.
Team Magma / Team Aqua : Ecologistas chiflados. Magno y Aquiles (Maxie y Archie) son los líderes de estas dos organizaciones rivales, cuyo único fin parece ser despertar a su pokémon legendario para que expanda la tierra/agua y así que sus pokémon preferidos tengan sitio para vivir. Toooooodos locos, y total, les sale mal
(qué raro) y tienes que ir tú a arreglar el asunto para que Hoenn no se achicharre ni se inunde (en esmeralda con la ayuda de Rayquaza, que sí, que ya lo sé).
Total, relacionados con la ecología y el clima, igual que el trío legendario de las ediciones
Team Galactic: Los frikis sectarios. ¿Qué mejor forma de convencer a alguien para que se una a tu causa, que decirle que vas a crear un mundo nuevo y bonito? Pues bien, Helio (Cyrus), el antisocial líder de este particular grupo de gente con extraños cortes de pelo y trajes de astronauta, quiere controlarlo todo. Por eso, invoca a Palkia y Dialga e intenta construir su propia dimensión donde el tiempo y el espacio sean como él quiera (wtf?). Pero claro, para variar en la historia, todo sale mal, y o capturas a uno de los 2, o vas tras Giratina a darle zaborra

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En resumen, con el trío de la creación, aparecen los que creen en un nuevo mundo a su gusto.
Team Plasma: Difícil descripción. Si bien en BW todos hacían lo que se les ordenaba como zombies por su causa, en B2W2 ha habido una división. Ahora, hay un Equipo Plasma Negro, que sigue al loco de Ghetsis, y un Equipo Plasma Blanco, que son fieles a su mesías particular, N. Bien, teniendo en cuenta que Reshiram, Zekrom y Kyurem representan el Ying Yang Tao, la Verdad VS los Ideales, estas ediciones dan como base la dualidad de las cosas. Y se representa claramente. El equipo Plasma tiene uniformes de caballero medieval, pero un nombre futurista, al igual que el fuego de Reshiram (con su cola en forma de antorcha) puede entenderse como más primitivo que la electricidad de Zekrom (y su cola en foma de turbina). Además del rollo de la separación humanos/pokémon y blablablá
En definitiva, bien conectado con la temática de los legendarios.