Rediseño de casi todos los personajes principales como por ejemplo: veremos a un profesor Kukui con la bata abrochada y no tan cachas entre muchos cambios. Los personajes principales no solo sufrirán un rediseño físico, también veremos un cambio muy opuesto en sus personalidades: Lylia será completamente decidida y no tendrá dudas, Tilo será completamente tímido y no tan alegre y enérgico, Gladio no será tan reservado y solitario, Kukui será mucho más profesional...
Dado que en esta ocasión los protagonistas en la consola virtual serán Oro y Plata veremos formas Alola de los Pokémon de la región Johto. Del mismo modo volverán las megaevoluciones pero se añadirán exclusivamente a pocos Pokémon de la región de Johto (excluyendo a las formas Alola de estos que por sentado no recibirán megaevolución), incluyendo sus iniciales (dado que no volveremos a ver remakes de Johto en muchos años y solo existen 6 Pokémon de dicha Pokédex con mega frente a los 13 de Kanto y a los 20 de Hoenn).
Los Ultraumbrales ya no son tan extraños de ver. Debido a ello, en el pasado de este mundo alternativo, se desató una guerra entre los Ultraentes y los Tapus dando como ganador a los primeros y con la destrucción de las Ruinas y exilio de los Tapus.
Los Tapus ya no actúan como espíritus guardianes y se mantienen alejados de los seres humanos. Dicho sea de paso estos ya no viven en la misma isla por lo que se podría encontrar a Tapu Bulu en Akala por ejemplo.
La Aldea Tapu no sufrió la destrucción de su Tapu (debido a los hechos que he comentado en los puntos anteriores) y por lo tanto será mucho más habitable. Sin embargo el Monte Lanakila ha sufrido un derrumbamiento debido a la construcción y ampliación de la Aldea, dejándolo completamente inaccesible. El Supermercado Ultraganga donde se realizaba la prueba de Zarala no quedó abandonado ni se incendió por la destrucción de Tapu Bulu por lo que funcionará igual que el de la isla de Akala.
El volcán del Wela en Akala sufrió una erupción, dejando la isla en bastante mal estado (consecuencia de que Tapu Lele no este para proteger la isla). Ahora la isla es un páramo tipo la isla de Poni y donde se debe usar las Pokémonturas de surf para acceder a las partes de tierra que han quedado separadas debido a esto. El Supermercado Ultraganga de Akala no llegó a existir debido a esto y su funcionalidad
Debido al desprendimiento del Monte Lanakila gran parte de Ula-Ula se ha visto afectada, el Monte Lanakila ha quedado inaccesible, el Desierto de Haina ha quedado muy reducido (misteriosamente se puede llegar hasta las ruinas ya destruidas de su Tapu), y gran parte de la Central Geotérmica quedo afectada dejando el lugar deshabitado y usado perfectamente para una nueva prueba del recorrido insular. El Lago Corosol/Coroluna también habrá sufrido una importante destrucción por culpa de dicho desprendimiento y quedará inaccesible.
Dicho sea de paso, la isla de Poni sufre un cambio completamente radical. El Altar del Sol/Luna pasa a llamarse Altar del Eclipse, donde se rinde culto a Necrozma. El Árbol de Combate ya no se encontrará edificado en este lugar, lugar el cual se aprovechará para edificar la nueva Liga Pokémon. Debido a problemas por el acceso antiguo hacia el Árbol de Combate se habrá creado un acceso por la Gruta Desenlace hacia dicho lugar, Gruta la cual se usará como Calle Victoria (y con la diferencia de que en esta encontraremos entrenadores a nuestro paso, no como en el Monte Lanaquila). Dicha isla se habrá usado para trasladar y dar un hogar a los afectados tras la erupción del Volcán del Wela de Akala (suceso que ocurriría 3 años antes de la llegada de nuestro protagonista)
Pueblo Po no habrá sido invadido por el Team Skull y tendrá un aspecto completamente diferente. Al mismo tiempo solo se podrá acceder después de la Liga y en su lugar se encontrará el nuevo recinto batalla. Aquí no nos darán la bienvenida Rojo y Azul, en su lugar serán Oro y Plata. Aquí dentro encontraremos los ansiados Tutores de Movimientos. Uno de los nuevos edificios de batalla será usado para llevar las Battle Royale.
El Team Skull recibirá el protagonismo y no la Aether (siendo la sede del Paraíso Aether la nueva guarida del Team Skull tomada por la fuerza). El Team Skull tendrá un nuevo diseño mucho más serio (no parecerán los mismos pandilleros y será verdaderamente temido en la región). Su líder será el antiguo líder el cual se hacia mención en Sol y Luna. La Aether se dedicará a luchar contra el Team Skull y a defender los Pokémon. Samina en este caso, junto con su "marido" Polo (ese hombre que ha dado tanto de que hablar y del que se ha teorizado ser el padre de Lylia y Gladio) investigan los numerosos Ultraumbrales que aparecen descontrolados por Alola.
El Solgaleo/Lunala del juego vendrá desde el otro mundo (siendo el Cosmog que se obtiene en el Lago Corosol/Coroluna) pero nadie conoce a dicho Pokémon confundiéndole con un Ultraente (del mismo modo que Handsome confunde a Necrozma con uno de ellos). Durante todo el juego se le tratará como un Ultraente. El Team Skull mediante una máquina creada por Fabio (quien en este caso pertenecerá a estos como su científico) conseguirá unir a Solgaleo/Lunala con Necrozma y controlarlo (muy similar a Ghechis con Kyurem) pero siendo esta fusión "permanente".
Habrá muchos cambios en las pruebas y grandes pruebas. Al no haber rastro de los Tapus, estos no eligen a los Kahuna y por lo tanto son los propios Kahuna que toman un discípulo y lo entrenan para convertirse en futuros Kahuna. Entre los mas notorios cambios de capitanes y Kahuna el que más destaca es Guzmán (en este mundo aprendió una lección tras numerosos combates contra Kaudan tomándole este último como pupilo), tomando el relevo de Kaudan dado que este formará parte del Alto Mando (siendo el único Kahuna en pertenecer a este en este mundo). Habrá 1 prueba por cada cristal Z ampliando la cantidad de pruebas del recorrido insular a realizar.
Kukui entregará los iniciales al protagonista, Tilo y Lylia (pasando a ser una rival). Pimpinela estará "desaparecida" en este juego tras la investigación de los Ultraumbrales, perdiendo la memoria y siendo la encargada de llevar el Pokeresort. En este mundo Polo nunca llevó el Pokeresort y nos harán saber que dicho personaje es en realidad el padre de Lylia y Gladio.
Después de pasarnos el juego se podrá atrapar a Solgaleo/Lunala fusionado con Necrozma (dado que por algún motivo no puede deshacerse dicha fusión) y este nos abrirá el portal hacia el otro mundo. Al cruzarlo, estaremos en el mundo de Sol y Luna, donde nos darán a entender que los sucesos de USUL ocurren al mismo tiempo que los de SL. No podremos conocer a nuestra contraparte dado que en el mismo instante en que nosotros cruzamos el portal él hace lo mismo. Sin embargo en dicho mundo ocurrirán nuevos eventos y será la historia del post-game, cerrando huecos argumentales de ambas ediciones. A si mismo, la Lylia de SL volverá de Kanto, explicando como se recuperó Samina y gracias a esto dando solución al poder separar a Solgaleo/Lunala de Necrozma.
El Ultraespacio será ampliado y se visitará durante el evento del Pokémon Legendario (muy similar al Mundo Distorsión y Giratina). Dentro de este no funcionarán las Pokéballs para atrapar Pokémon, pero misteriosamente si que funcionarán las que contienen nuestros Pokémon. Dicho mundo actuará como una cueva y aparecerán Ultraentes que deberemos derrotar a nuestro paso. Sin embargo estos no recibirán el aura que incrementaba sus stats ya que no han cruzado el Ultraumbral. Durante este evento nos aclararán todas las dudas sobre la relación entre los Pokémon Legendarios y los Ultraentes.