Al usar el Trasladador con un juego de V Gen, si en la Caja 1 (es siempre desde la que traslada) hay Pokémon que no pueden pasar, el Trasladador te lo comunica, y pasará el resto de Pokémon de esa Caja al Banco, pero dejará a los que haya rechazado en tu PC.
Y con los clones, que yo sepa, no ha habido problemas, mientras sean 'legales'.
Supongo que hay que dejarlos almacenados un tiempo, y desde XY al Banco. Ahora todos estamos usando solamente la Caja Traslado, pero el Banco está pensado como almacén. Las Poké Millas son una pequeña recompensa para aquellos que paguen por el Banco, básicamente.
Yo he dejado toda mi chusma de W2 y Y en el pokébanco. Me dan PB bastante bonitos (entre 20 y 30 pokémillas por día, unos 2 o 3 PB al cambio), y me dejan sitio para la crianza y cualquier otra cosa que quiera cambiar por Wondertrade.