Yo hace poco tuve ese problema de que me pedía usar el Pokémon Y, a pesar de que usaba dicho cartucho me tenía bloqueado el banco.
Y bueno, la solución es simple, llama a Soporte de Nintendo, ellos te guiarán mediante una serie de pasos para poder desbloquear tu banco. También puedes hacer lo que menciona corofu, restaurar una partida en powersaves, a un amigo le pasó y haciendo eso lo recuperó.