Creo que, hace unos años, la mayoría de programas que descargaba se ejecutaban más o menos bien, pero con el paso del tiempo me han dejado de funcionar casi todos. Si quiero usar un juego en un emulador, lo tengo que arrastrar directamente y soltar la tecla izquierda encima de la pantalla. (al menos con TGB_Dual me pasa)
A mi normalmente si me pasa eso con cambiar los permisos va de sobra, es bastante extraño lo que te está pasando.
Por cierto, Pedro's, ¿sabes si hay otra forma de ejecutar los archivos ".exe" sin necesidad de Wine?