Sinceramente, en el modo historia yo soy de "usa a tus favoritos". La dificultad tampoco es que sea la gran cosa y, salvo que juegues nuzlockes o cosas parecidas, con las pociones y revivir tienes de sobra.
Ahora que si puedes hacerte de un Kingdra, estaría genial, es Agua, de Johto y encima puede ir físico o especial, incluso Danza Dragón aprende para marcarte unos sweeps con Cascada y Enfado.
Igual quitaría a Beedrill y pondría otra cosa más efectiva, incluso Butterfree (que no recuerdo si lo puedes conseguir casi al principio).
También puedes hacer lo que yo suelo hacer que me gusta más, y es ir entrenando pokes hasta que evolucionen y cambiarlos por otros nuevos, llevando como máximo unos 3 fijos, así vas de paso llenando la dex y puedes ir decidiendo en el camino.