La nintendo eShop que tienes debe ser la de Argentina y esta no tiene casi nada. Tampoco el Banco Pokémon.
Yo también tuve este problema al principio cuando configuré la 3DS con mi propio país, pero como entonces mi consola estaba nueva y como no tenía información que perder, opté por formatearla y al encenderla de nuevo configuré todo con residencia de EEUU (California).
Para ello hice lo siguiente: (puede ser obvio, pero no está demás explicarlo)
1.- Formateé la consola en: Configuración de consola - Otras opciones - Formateo (última página).
2.- Cuando la encendí, configuré la residencia en EEUU (California).
3.- Entré a Configuración de consola y creé un NNID nuevo.
4.- Luego de eso ya se puede entrar a la eShop de EEUU y agregar fondos con Tarjetas de prepago.
Si no quieres formatear la consola, podrías probar lo siguiente (no sé si funcionará, ya que no puedo probarlo o podría desconfigurar mi 3DS):
1.- Entra a configuración de consola - Otras opciones - Perfil - Residencia.
2.- Te saldrá el mensaje "Al cambiar de país de residencia, ya no podrás usar servicios como Nintendo Network o Nintendo eShop". Esto es porque el NNID que tengas será de tu país y no es compatible con la nueva residencia.
3.- Ahí cambia la residencia a algún estado de EEUU sin impuestos (California por ejemplo).
4.- Nuevamente en Configuración de consola, entra a "Ajustes del identificador de Nintendo Network" (arriba).
5.- Si no tienes un NNID creado, crea uno. Si ya lo tienes, deberás borrarlo, ya que este será de tu país y no servirá (no se pueden tener dos al mismo tiempo).
6.- Después de eso, prueba a ver si puedes entrar a la eShop de EEUU.
Si usas la segunda opción y ves que funciona, yo no agregaría fondos todavía, primero me bajaría algunas demos y juegos gratuitos y comprobaría que no existe ninguna incompatibilidad. Solo una vez seguro agregaría fondos.
Si usas la primera opción, perderías todo lo que está guardado en la consola (actualizaciones, lista de amigos y cualquier avance de los programas que vienen incluidos con la 3DS como Plaza Mii). Tu código de amigo también será distinto.
Las partidas de los juegos físicos se guardan en el mismo cartucho asi que eso no se perdería, sin embargo me parece que ciertas cosas como los videos de combate se guardan en la memoria de la 3DS, eso sí se perdería.
Otra cosa. Si usas la primera opción, tu cartucho de Pokémon pensará que has cambiado de consola y los eventos temporales se desactivarán temporalmente. También se borrarán la lista de VIPs que puedas tener en la Festi Plaza. Desconozco si esto pasará con la segunda opción, pero apostaría a que sí.