Yo uso firefox con ad-block y/o ublock para bloquear ventanas emergentes. Para la "limpieza" y demás, uso a parte del Malwarebytes que ya han dicho, el SUPERAntiSpyware, CCleaner, ATF cleaner, JetClean, ADW Cleaner, RogueKiller ... además de que sería conveniente desfragmentar el disco duro de vez en cuando... (esto último solo si el disco duro es mecánico, de los de toda la vida. Con los SDD nuevos no hay que desfragmentar).