Bueno, he tenido la oportunidad de copiar el save al PC para ponerlo en flashcart y hacer la prueba con varios legendarios:
Cresselia, para activar el evento de Darkrai, el trio de los lagos, obligatorios para recibir la dex nacional, Giratina para poder buscar la Griseosfera en el mundo distorsion y Heatran para que los entrenadores tengan sus mejores equipos al usar el buscapelea.
Resultado: Todos reaparecen en su correspondiente cueva o isla tras la liga sin ningun problema