Yo también prefiero que el protagonista hable, pues a fin de cuentas el protagonista de la mayoría de RPGs no soy yo. Y mucho menos cuando encima el protagonista es de mi género opuesto. Precisamente, en los juegos que te dejan elegir sexo suelen ser totalmente mudos (aunque, si mal no recuerdo, en el Sword of Mana si tenían, pero más que sexos eran simplemente dos personajes diferentes con historias un tanto distintas).
Realmente, todo depende de como piensen desarrollar la historia, personajes y comentarios. En Golden Sun el protagonista es mudo, tanto a la hora de hablar como a la de pensar. Simplemente respondes Sí o No, cambiando una frase como bien has dicho (aunque esto, más que una queja sobre la mudez, es una queja sobre el desarrollo, pues da igual lo que elijas que siempre llegarás al mismo sitio). Ahora bien, en realidad si se llega a conocer al personaje. Tus compañeros y otros personajes hacen referencia a lo que en teoría estaría diciendo el personaje principal si le saliese un cartel como al resto. Sus emociones, expresiones e ideas las plasman el resto con frases como: "En eso estaba pensando yo, Hans. Deberíamos de hacer..." o "Se te ve enfurecido". De todos modos, ya no me acuerdo tan bien del primero, pero lo máximo que le verás decir en un cartel al protagonista será "¡!" xD
Peor ocurre en Pokémon. Como ya he comentado, cuando te dan a elegir sexo se reduce mucho la posibilidad de que el protagonista hable. Además, en este juego no es necesario debido al tipo de desarrollo que tiene. Tú eres el entrenador/a Pokémon, tú decides a que Pokémon llevas, como luchas, como crías. Te representa bastante, aunque, como siempre, el aspecto físico o la típica historia de la mudanza al principio no vayan a coincidir con todos (aunque tampoco nadie sale a cazar Pokémon, así que xD). Simplemente, lo único que pintas en ese juego es ser aclamado como el mejor y el salvador.
Juegos como Final Fantasy o Tales of SOMETHING si tienen un personaje totalmente fijado, sobre el cual suele girar toda o parte de la trama y, además, sirven de punto de apoyo en las conversaciones para añadir el toque que falta al resto de secundarios. ¿Falta un serio? Ahí está el prota. ¿Un bromista picarón? Pues también. Además, como ya he dicho, al girar la historia más a su alrededor y haber demasiados personajes, costaría mucho que los demás contasen toda tu historia, personalidad, etc. por él. Para eso están los sucedáneos de Final Fantasy (a.k.a. Dragon Quest).
Finalmente, tenemos el caso donde el protagonista eres tú y a la vez no lo eres. Dragon Age o Mass Effect como ejemplos. Estos juegos de rol te permiten, como bien dice su nombre, adaptar el papel de ese personaje. Precisamente, parte de su desarrollo radica en las conversaciones. Estos juegos tienen diferentes frases que desembocan diferentes eventos según como las enlaces, permitiendo orientar a tu personaje hacia una personalidad u otra, así como guiar el transcurso de la historia.
Luego están juegos como Portal, Bioshock, etc. donde el personaje no habla, pero ya otros te cuentan lo que necesitas del protagonista.