Los pokémon confirmados de tener dos ramas de Megaevolución, como Mewtwo o Charizard, tienen una Megapiedra específica para cada forma. Tienen la MewtoitaX/CharizaritaX y la MewtoitaY/CharizaritaY. Eso significa que si le pones la CharizaritaY a un Charizard en la edición X, te debe evolucionar a su forma Y.
La único diferencia es que, por el momento, parece que las Megapiedras "X" solo se encontrarán en la edición X y viceversa. Si alguien te regala las suyas o (gamefreak te está obligando) te compras la X y te las pasas a la edición Y, puedes tener la edición Y con ambas piedras y por lo tanto la accesibilidad a ambas formas.
Tener en cuenta que, para cada piedra se debe entrenar distinto. La diferencia entre los Mewtwos y los Charizard es que unos son de Ataque Físico y sus contrapartes de Ataque Especial, osea, que por poder puedes hacer megaevolucionar el mismo pokémon a dos formas distintas, pero si lo quieres bien entrenado, o lo haces mixto, o deberás tener dos Charizards, uno físico y uno especial, para cada Megapiedra.