A ver, nunca han puesto 2 regiones totalmente distintas.
No tendría sentido, porque si te compras la edición X, y resulta que no te gusta; te tienes que joder.
Lo que tendrán de distinto entre ellas será lo de siempre; pokémon exclusivos. A lo mucho, como ya han dicho, meter zonas distintas según la edición, y poco más. No creo que con el salto al 3D quieran cagarla y arriesgar demasiado con tonterías extra.