Yo de gramática sé poco, me lía normalmente, pero te cuento:
Si es lo que yo sé un Morfema Flexivo, sí, caballo tiene la misma situación que tomate.
Tomat-e. Tomat es la raíz o lexema, todas las palabras de su familia empiezan por "tomat"
-Tomatera
-Tomatito
-Tomate
Caballo- Caball
-Caballería
-Caballero
-Caballo
-Caballito