Lo mejor y más rápido es usar el rng, lo cual no siempre resulta sencillo. De esta manera, evitarás apagar y encender la consola excesivamente y conseguirás la naturaleza y los ivs deseados. Ten en cuenta que lo mejor es atrapar un perro con buenos ivs y en este juego has de tener mucha suerte para que tu id y tu id secreto coincidan con un perro que tenga buenos ivs y que sea shiny además. De todas maneras, lo mejor es atraparlos de uno en uno. Primero te centras en conseguir a raikou (por ejemplo) con ivs, naturaleza o shiny deseados. Si te sale bien, conseguirás a raikou, pero a entei seguramente no lo conseguirás tan bueno.
Es decir, es muy raro conseguir ambos pokemon perfectos al entrar a la torre quemada por primera vez. Pero esto se puede solucionar, ya que cada vez que debilitas a un perro legendario y te pases la liga pokemon, este vuelve a aparecer con diferente naturaleza e ivs. Puedes debilitarlo tantas veces como quieras, al igual que sudowoodo, gyarados rojo, snorlax, etc. Cuando lo atrapes ya no lo volverás a ver, claro está.
Pero como no uses el rng, lo tienes muy difícil para atrapar shinies..