No debería afectar a la legalidad (excepto por una enorme paja mental de que hay unas pocas combinaciones id-sid imposibles de tener en un juego), pero sí es normal que deje de ser shiny porque, simplificando mucho, para ver si un poke es shiny, se hace una operación con varios números, entre ellos el ID y el ID secreto. Si la operación da cierto valor (hablo de memoria, pero me suena que era menor que 8), el pokemon es shiny. Lógicamente, si cambiamos el ID/ID secreto, el resultado de la operación cambiará y el poke dejará de ser shiny.
Es seguro mandarlos siempre que ocupen 236 bytes. Si ocupan 136, lo mejor es cambiarles el tamaño con pokepro.